在遥远的东方大陆，暗河之水依旧无声流淌，却比往日更加幽深。第一部中揭开的古老秘密，如今化作无数暗流，悄然侵蚀着世界的根基。
第二部的故事从一场诡异的祭祀开始。黑衣祭司们跪伏在暗河源头，吟唱着失传千年的咒文。河面泛起血色波纹，仿佛有什么庞然大物正在水底苏醒。年轻的寻秘者林夜意外卷入这场仪式，左臂不慎沾染了暗河之水，从此能听见常人无法听闻的低语。
与此同时，皇都钦天监的浑天仪突然崩裂。监正苏白衣发现二十八星宿的方位全部错乱，而最亮的北辰星竟指向暗河发源地。当他翻阅禁阁中的《九幽志》时，竹简上的墨迹突然化作活物，组成四个不断扭曲的大字："它要来了"。
在北方雪原，游侠百里冰河遭遇了前所未有的暴风雪。冰层下传来有规律的震动，当地牧民称之为"地龙翻身"。但当他凿开三丈坚冰，看到的却是布满鳞片的巨大脊椎骨——那分明是某种生物的一部分，而冰封它的玄冰正在以肉眼可见的速度消融。
三条看似无关的线索，最终都在暗河交汇。当林夜的左臂开始长出银色鳞片，当苏白衣的罗盘指针永远指向北方，当百里冰河带回的冰核在温暖处渗出黑色液体...所有见证者都听到了相同的耳语："归墟之门将开"。
古老的预言正在应验：当暗河倒流，深渊之影将吞噬星月。而唯一能阻止这一切的钥匙，竟藏在第一部末尾那个被所有人忽略的细节里——那本被烧毁的《河图洛书》残页上，其实还留着半句未被焚尽的谒语。