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江湖传言，得《黄帝内经》者，可通天地造化，掌生死玄机。这一夜，青城山下的无名小卒陆九，在采药时坠入千年寒潭，竟在潭底石匣中发现一部金丝玉简——正是失传千年的《素问》上古残卷。
陆九不曾想，这医家圣典暗藏武学至理。当他按"上古之人，春秋皆度百岁"的指引调息时，经脉中蛰伏的真气突然如江河奔涌。原来内经所述五脏对应五行，十二经络暗合周天星斗，字字皆是无上心法。
三月后，衡山派大弟子追杀药童至崖边，却见那少年双指泛起青芒，一招"岐伯问难"直点膻中。衡山剑法号称"七十二峰连绵不绝"，此刻竟如朽木遇雷，剑断人飞。江湖这才惊觉，有个使"针灸指"的少年郎，把医经化作了杀人术。
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太医院的老院正听闻此事，连夜翻出《灵枢》密卷。那泛黄的绢帛上写着："怒伤肝，悲胜怒；喜伤心，恐胜喜..."老院正突然冷汗涔涔——这分明是操控七情的天魔功法！当年黄帝战蚩尤，正是以情志相克之道破其魔军。
此时陆九已悟透"提挈天地"篇，举手投足间阴阳二气流转。青城派掌门以"松风剑法"试探，剑尖距他三寸便再难寸进——那是内经所言"正气存内，邪不可干"的护体罡气。江湖沸腾之际，西域魔教却放出话来：这少年使的，是失传的"轩辕战体"。
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重阳之夜，陆九在终南山巅展开《阴阳应象大论》，月光下墨字化作金色小篆凌空舞动。他忽然明白，内经从来不是医书，而是黄帝留下的武道总纲。当七十二派围攻光明顶时，人们只见少年踏罡步斗，念着"法于阴阳，和于术数"，魔教长老的毒掌离他三丈便自行崩解。
十年后，有人看见个布衣郎中在长安施针。银针过处，瘫者起舞，盲者观星。孩童追问他可是当年剑挑少林的陆神医？那人只是笑笑，指间一缕金芒转瞬即逝，恰似《内经》扉页那句："上古有真人者，提挈天地，把握阴阳..."